Gérant SARL Quibcoding. Conception, maintenance, hébergement de site web (wordpress); Programmation php (symfony), perl, R. Scrapping. Analyse de donnée.

- Quiberon, Morbihan, Bretagne, France,

Stéphane Audic, PhD
Fonction: Gérant, chef de projet, développeur, créateur de la société Roskoding (2017) devenue Quibcoding https://www.quibcoding.fr (depuis juin 2023)
Anciennement Ingénieur de recherche (IR1) en calcul scientifique au sein de plusieurs laboratoire et équipes reconnues au CNRS. 
Né le 29 septembre 1967 à Auray (56), marié, 1 enfant.
Adresse personnelle: 13 Impasse Monte Cristo 56510 Saint-Pierre-Quiberon
Adresse professionnelle: SARL Quibcoding, 13 Impasse Monte Cristo, 56510 Saint-Pierre-Quiberon.

Email: stephane.audic@quibcoding.fr, Téléphone : 06 51 66 99 70

Formation:
● 1990-1993: Thèse «Astrophysique et techniques spatiales » de l'université Paris 7. Thèse sous la direction de Hélène Frisch, soutenue à Nice en 1993.
● 1990: DEA Astrophysique et Techniques Spatiales, Université Paris VII
● 1989: Maîtrise de Physique, Université de Rennes I

Expérience professionnelle précédente:
● 7/2010 – 6/2017 : Ingénieur de recherche en calcul scientifique au sein de l’équipe « Évolution du Plancton et des Écosystèmes Pélagiques», dirigée par Colomban de Vargas, laboratoire UMR 7144, « Adaptation et
Diversité en Milieu Marin », Station Biologique de Roscoff.
● 9/1999 – 30/6/2010 : Ingénieur de Recherche, laboratoire Information Génomique et Structurale, CNRS UPR 2589, dirigé par Jean-Michel Claverie.
● 9/1998 – 31/8/1999 : ATER, Université de la Méditerranée.
● 9/1995 – 8/1998 : Post-doctorat (CNRS, EP91, Information Génétique et Structurale, dirigé par Jean-Michel Claverie)
● 9/1993 – 7/1995 : Post-doctorat (CRS4, Cagliari, Italie)

Expertise:
● Calcul scientifique, administration système, conception, mise en exploitation et maintenance de clusters de calculs. Programmation en C , Perl, R, Python, Php, etc. Bases de données. Conception et implémentation de Web Services.
● Mathématiques appliquées à la biologie: co-auteur d'un test statistique dédié à l'analyse différentielle de l'expression des gènes par compte d'ESTs (Audic-Claverie test : + de 1200 citations WOS)
● Acquisition, nettoyage, clustering de données de metabarcode 454 ou Illumina. Production et annotation des tables d'abondances et assignation des données produites en particulier dans le cadre de l'expédition Tara Océans. Assemblage et annotation génomique: Co-auteur de plus de 10 génomes microbiens disponibles dans GENBANK. Exploitation de données provenant des nouvelles technologies de séquençage (454, Illumina, ABI Solid)

Autres activités:
● Co-encadrement avec Colomban de Vargas de la thèse de Nicolas Henry (soutenance le 2 février 2016) "Écologie des symbioses eucaryotes des écosystèmes planctoniques de la zone photique des océans".
● Participation à l'expédition Tara-Océans : Leg Bermudes – Açores en 2012, échantillonnage du zooplancton ; responsable de la mission d'échantillon d'eau de ballast à Rotterdam (Juin 2011) dans le cadre du projet BIOMARKS ; participation aux projets de science participative Objectif Plancton et Plankton Planet (participation ponctuelle aux échantillonnages et analyse des données génétiques).
● Revues pour un certain nombre de journaux scientifiques (Bioinformatics, Genome Research) - ; participations et présidence de jurys de Concours IE-IR CNRS, INSERM.

Publications: 68 publications (Web of Science), 6300 citations, h-index: 33 ; Nucleic Acids Research – 4, Science – 7, Genome Research – 9, Plos Genetics – 6, Plos Biology – 3.

Publications les plus significatives
C. de Vargas, S. Audic, N. Henry, J. Decelle, F. Mahé, R. Logares et al. “Ocean plankton. Eukaryotic plankton diversity in the sunlit ocean,” Science 71314(17):29223618-25, 2015.
S. Audic, M. Lescot, J.M. Claverie, A. Cloeckaert, M.S. Zygmunt, “The genome sequence of Brucella pinnipedialis B2/94 sheds light on the evolutionary history of the genus Brucella.”, BMC Evol Biol, vol. 11,  2011.
S. Audic, M. Lescot, J.M. Claverie, and H.C. Scholz, “Brucella microti: the genome sequence of an emerging pathogen,” BMC Genomics, vol. 10, 2009.
A. Dereeper, V. Guignon, G. Blanc, S. Audic, S. Buffet, F. Chevenet, J. Dufayard, S. Guindon, V. Lefort, M. Lescot, J.M. Claverie, and O. Gascuel, “Phylogeny.fr: robust phylogenetic analysis for the non-specialist,”  Nucleic Acids Research, vol. 36, 2008.
D. Raoult, S. Audic, C. Robert, C. Abergel, P. Renesto, H. Ogata, B. La Scola, M. Suzan, and J. M. Claverie, “The 1.2-megabase genome sequence of Mimivirus,” Science, vol. 306, 2004.
S. Audic and J.M. Claverie, “The significance of digital gene expression profiles,”
Genome Research, vol. 7, 1997.